नाथांप्रमाणेच त्यांची शिष्यपरंपराही ऐश्वर्यशाली. पारमार्थिक अधिकार उच्च असूनही व्यावहारिक श्रीमंती हे नाथपरंपरेचं वैशिष्ठय होय. श्रीएकनाथांची परंपरा ही महाराष्ट्रात आणि महाराष्ट्राबाहेर विस्तारित झाली असून आपलं पारमार्थिक ऐश्वर्य दाखवित वारकरी संप्रदायाच्या प्रसार प्रचारासाठी प्रयत्‍नशील आहे. नाथांच्या काही महत्वाच्या शिष्यपरंपरा -
१) श्रीएकनाथ - गावोबा (काही ठिकांणी यांचा नित्यानंद असा उल्लेख )
- अनंत - नगदनारायण - आठ पिढयांनंतर -
माणिकबाबा
- महादेवबाबा, शिवाजी महाराज (नारायणगड, बीड),
- भगवानबाबा, भिमसिंहबाबा, नामदेवशास्त्री (भगवानगड, नगर)
२) श्रीएकनाथ - गावोबा - अनंत - विठ्ठलबुवा - विप्रनाथ - तुका विप्र महाराज -
तुका विप्र वंश (अंजनवती/ पंढरपूर)
गंगाधर विपट - बापुसाहेब विप्र (पांडुरंग पुरंदरे घराणं, सासवड) - नानासाहेब - पुरुषोत्‍तम पुरीकर वंश
३) श्रीएकनाथ - गावोबा - कृष्णनाथ - विसोबानंद - मुऱ्हारनाथ - रंगनाथ
गोपाळ्नाथ
- श्यामराज (त्रिपुरीमठ सातारा)
गोविंदनाथ - गुरुनाथ - देवनाथ (अंजनगाव सुर्जी, अमरावती)
बाळकृष्णनाथ, दयाळनाथ
काशीनाथ - गुरुनाथ - यदुवीरनाथ
४) श्रीएकनाथ - नरहरी - महेश - नागोजीराम - कोनेरुगुरु - महादेवगुरु - परशराम पन्तुल- लिंगमूर्ती गुरुमूर्ती (तेलगु परंपरा - यांचे वंशज हे वरंगलातील मट्‍टेवाडा येथे विदयमान.)
५) श्रीएकनाथ - श्रीधरस्वामी - सदाशीवस्वामी - रघुनाथस्वामी - सिद्धपादाचार्यस्वामी (देवमामलेदार नासिक) - पद्मनाभस्वामी - कपिलनाथस्वामी - अमृतनाथस्वामी - स्वानंदस्वामी - पुरुषोत्‍तम (आळंदी (दे.), मुंबई)
६) श्रीएकनाथ - हरिशास्त्री (नाथांचे चिरंजीव) - मेघ:श्याम (नाथांचे नातु) नारायण (नाथांचे पणतु) - प्रयाग - अच्चुतानंद - सच्चिदानंदस्वामी (मोहा, मधुगंगातीरी, नागपूर)
७) नाथांच्या शिष्यपरंपरेतून वा वंशपरंपरेतून निर्माण झालेली परंपरा ही ओघानेच नाथांची शिष्यपरंपरा होय.
१) श्रीबगाजीबुवा - हे वरुड, विदर्भ येथिल असून यांची परंपरा नाथांच्या वंशजांकडुन आलेली आहे. ते एक महान सत्पुरुष होते. विदर्भात त्यांनी नाथपरंपरा वाढविली. आजही यांच्या परंपरेतील लोक नाथांच्या पालखी सोहळ्यासोबत येत असून रथामागे यांचा प्रथम क्रमांक आहे.
२) श्रीदौलतबाबा - हे सांगवी (वीर), बुलडाणा येथिल असून यांची परंपरा नाथांचे वंशज श्रीनारायण्महाराज यांच्याकडून आली आहे. नारायण - रंगनाथशास्त्री - जगन्नाथ - हराळकर महाराज - दौलतबाबा अशी यांची परंपरा आहे. विदर्भात यांच्या नावाने अनेक दिंडया चलतात.
३) श्रीगोदडमहाराज - हे कर्जत जि. अहमदनगर येथिल असून यांना एकनाथांच्या परंपरेतील नारायणनाथमहाराज यांचा अनुग्रह प्राप्त झाला. यांनी अनेक ग्रंथांची रचना केली असून ’जगतारक’ हा त्यांचा महत्‍त्वाचा ग्रंथ आहे; यात त्यांनी भविष्यात घडणाऱ्या गोष्टींची माहिती दिली आहे. गोदडमहाराज हे राज घराण्यातील होते. त्यांच्या गुरुंनी त्यांना गोधडी पांघरली तेव्हापासून त्यांना गोदडमहाराज म्हणण्यात येवू लागले. यांच्या परंपरेत पंढरपुरास दिंडी न नेता फक्‍त पैठण क्षेत्रीच दिंडी नेण्याचा प्रघात आहे.
४) श्रीभय्यासाहेबमहाराज - (इ.स.-- ते इ.स.१९८९) हे नाथांचे १२ वे वंशज असून त्यांनी अनेकांना अनुग्रह दिला. त्यात पुणे येथिल सुप्रसिद्ध कीर्तनकार श्रीलक्ष्मणबुवा निजामपुरकर, मुंबई येथिल कीर्तनचंद्रिका श्रीमती पद्मावतीबाई देशपांडे इ. अनेक नामवंत व्यक्‍ति होत.
८) याशिवाय कवी मुक्‍तेश्वर, दंडवतस्वामी, नाथांच्या अंगावर थुंकलेला यवन सिद्धीअलि बाबा, श्रीसमर्थ रामदासस्वामींचे मामा भानाजीपंत, कृष्णदयार्णव इ. नाथांना गुरु मानत.
श्रीभगवानबाबा - एकनाथांच्या परंपरेतील एक प्रसिद्ध ऐश्वर्यशाली व्यक्‍तिमत्व. पाण्यावर तरंगून त्यांनी ज्ञानेश्वरीचे पारायण केल्याचे बोलले जाते. मराठवाडा तथा पश्चिम महाराष्ट्रात त्यांना मानणारा मोठा समाज आहे. त्यांना आपल्या परंपरेचा अभिमान होता. ’मी नाथफडाचा टाळकरी आहे’ असे ते म्हणत. नाथसंस्थान पैठण येथे पालखी व नाथषष्ठी दिंडीचा भगवानगडास मान आहे.