आदीनारायण हे एकनाथांच्या गुरुपरंपरेचं मूळ. आदीनारायण - ब्रह्मदेव- अत्रि - दत्तात्रेय- जनार्दन - एकनाथ अशी नाथांची गुरुपरंपरा होय.
आदीनारायण - जे निर्गुण निराभास असून शबलब्रह्माची उत्पत्ती ज्यापासून झाली ते आदीनारायण प्रस्तुत परंपरेचे आद्यगुरु.
नाथ म्हणतात - जो निर्गुण निराभास । जेथुनि उद्भव शबल ब्रह्मास ।
आदीनारायण म्हणती ज्यांस । तो सर्वांसी आदीगुरु

ब्रम्हदेव (विधी) - सृष्टीची उत्पत्ती करणाऱ्या ब्रह्मदेवास ब्रह्मज्ञान न झाल्यानं तो नारायणास शरण गेला. नारायणाने त्यांस उपदेश दिला.
नाथ म्हणतात - नकळे नकळे ब्रम्हज्ञान । म्हणोनि धरितसे चरण ।
नारायण परिपूर्ण । उपदेशी ब्रह्मा ॥ अ.क्र.१८९९

अत्री - दत्तात्रेयांचे पिता अत्रिऋषींना ब्रह्मदेवाकडून ते ज्ञान प्राप्त झालं.
नाथ म्हणतात - ब्रह्मा अत्रीते सांगत । ब्रह्मज्ञान हृदयी भरीत ।

दत्तात्रेय - अत्रीऋषींकडुन भगवान दत्तात्रेयांस त्या ज्ञानाची प्राप्ती झाली.
नाथ म्हणतात - ब्रह्मयाने बोध अत्रीसी पै केला ।
तो शेष लाभला दत्तात्रय ॥

जनार्दनस्वामी - जन्म फाल्गून व.६ शके १४२४ तथा इ.स. १५०२ निर्याण-फाल्गून व ६ शके १४९७ तथा इ.स.१५७५
जनार्दनस्वामी हे चाळीसगांवचे देशपांडे. ते दौलताबाद (देवगिरी) किल्ल्याचे किल्लेदार होते. मुस्लिम राजवटीत शुक्रवार हा सुट्टीचा दिवस असताना स्वामींच्या प्रभावाने गुरुवार हा सुट्टीचा दिवस म्हणून पाळत. भगवान दत्तात्रेयांनी तीन शिष्य केले, पहिला सहस्त्रार्जुन, दुसरा यदु आणि तिसरा जनार्दन.
नाथ म्हणतात - दत्तात्रेय कृपे पूर्ण । जनार्दनी पूर्ण ज्ञान ॥
जनार्दनाचा गुरु । स्वामी दत्तात्रेय दातारु ॥
दत्तात्रय कृपा । केली जनार्दनी ॥
दत्तात्रय परंपरा । सहस्त्रार्जुन यदु दुसरा ।
जनार्दन शिष्य तिसरा । केला खरा कलियुगी ॥
नाथकृत व इतर उल्लेखांवरुन, महाराष्ट्रातील अनेक ठिकाणच्या एकनाथी परंपरेवरुन भगवान दत्तात्रय हेच जनार्दन स्वामींचे गुरु आहेत असे सिद्ध होते.

एकनाथमहाराज - फाल्गुन वद्य ६ ह्या दिवशी नाथानां स्वामींचा अनुग्रह प्राप्त झाला. ६ वर्षे नाथांचे वास्तव्य जनार्दन स्वामींकडे दौलताबादी होते. स्वामींनी नाथानां शुलिभंजन पर्वताच्या परिसरात दत्तात्रेयांचे दर्शन घडविले.
स्वामी नाथानां उपदेश करतांना म्हणतात -
सर्वांभूती भाव नको ठेऊ दुजा । तेणे गरुडध्वजा समाधान ॥१॥
संतांसी नमन आलिया अन्नदान । यापरते कारण आणिक नाही ॥२॥
सर्वभावे वारी पंढरीची करी । आणिक व्यापारी गुंतु नको ॥३॥
म्हणे जनार्दन घेई हाचि बोध । सांडोनि सर्वदा द्वेष भेद ॥४॥

अर्थात सर्वांच्या ठिकाणी समदृष्टी ठेव. कोणी उच्च नाही व कोणी नीच नाही अशी भावना ठेवल्याने भगवंतास समाधान प्राप्त होणार आहे. संतांच्या चरणी नम्र रहा, घरी येणाऱ्या प्रत्येकास अन्नदान कर, इतर गोष्टींमध्ये न अडकता अंत:करणपुर्वक पंढरीचीवारी करीत जा, सर्वप्रकारचा द्वेषभेद यांचा तु त्याग कर हाच बोध माझ्याकडून तु घे असे जनार्दन स्वामींनीं सांगितले. नाथांनी नेटकेपणानं या उपदेशाचं पालन करुन आपल्या अनेक शिष्यांना आचरणाद्वारे उपदेशित करुन उपकृत केले. जनार्दनी कॄपेस्तव जाण। समूळ निरसले भवबधंन एकाजनार्दनी शरण। झाली संपूर्ण परंपरा ॥